เปปไทด์เป็นสารประกอบที่เกิดจากการเชื่อมโยงกรดอะมิโนผ่านพันธะเปปไทด์ เป็นผลิตภัณฑ์ระดับกลางของการไฮโดรไลซิสโปรตีน โดยมีโครงสร้างโมเลกุลอยู่ตรงกลางระหว่างโปรตีนและกรดอะมิโน สารประกอบที่เกิดจากการควบแน่นของการขาดน้ำของโมเลกุลกรดอะมิโนสองตัวเรียกว่าไดเปปไทด์ ในทำนองเดียวกัน มีไตรเปปไทด์ เตตราเปปไทด์ เพนตะเปปไทด์ และอื่นๆ เปปไทด์ที่เกิดจากโมเลกุลของกรดอะมิโนหลายโมเลกุลเรียกว่าโพลีเปปไทด์ ในขณะที่สายโซ่โดยทั่วไปกรดอะมิโนเกิน 50 ตัวถูกจัดประเภทเป็นโปรตีน
ตัวอย่างเช่น สารต้าน-คาร์โนซีนเป็นสารต้านไกลเคชันคือไดเปปไทด์ที่เกิดจากการควบแน่นของอะลานีนและแอล-ฮิสติดีน กลูตาไธโอนต้านอนุมูลอิสระเกิดจากการควบแน่นของกรดกลูตามิก ซีสเตอีน และไกลซีนตามลำดับ และคอปเปอร์เปปไทด์สีน้ำเงิน GHK-Cu เป็นสารเชิงซ้อนของไตรเปปไทด์และไอออนของทองแดง